Vlčkovice založil ke konci 13. století vladyka Přibík Vlček, který poté používal přídomek z Vlčkovic. Vesnice, stejně tak jako její zakladatel, jsou poprvé zmíněni r.1378 v souvislosti se sporem s farářem z Neustupova. Znak tohoto rytířského rodu zdobil zlatý pluh na červeném štítě. Rod Flekovských z Vlčkovic vystavěl na začátku 15. století vodní tvrz v místech, kde je nyní zámek. Vlčkovští drží ves až do konce 16. století, kdy ji v roce 1588 kupují Pfefferkornové z Ottopachu. Následně se zde rychle vystřídali Vlkové z Kvítkova, Ottové z Losu, a roku 1595 Kašpar Kaplíř ze Sulevic na Neustupově, popravený roku 1621 na Staroměstském náměstí.
Po bitvě na Bílé Hoře se majitelem Vlčkovic stal Martin de Hoff Huert. Od roku 1653 náležela ves Talmberkům. Následně se zde vystřídali Kuenburkové, Týřovští z Einzidle, hrabata z Millesimo a další.
Zámek s nárožní věží stojí na místě původní tvrze patřící Vlčkům z Vlčkovic, ze které je zachovaný příkop. Tato tvrz je prvně zmiňována v roce 1545, a roku 1653 je uváděna jako zpustlá. Okolo tvrze se táhly vysoké valy a hluboké, široké příkopy napájené vodou z blízkého rybníka. Zámek na místě tvrze byl vystavěn v roce 1788 za Dismase Schönowetze z Underswerthu.
Kašpar Kaplíř ze Sulevic
Rod Chotků z Chotkova
Dnešní podoba zámku pochází zčásti z barokní přestavby ve 2. polovině 18. století a dále z klasicistních úprav v 1. polovině 19. století. Od roku 1857 byl majitelem Vlčkovic hrabě Otto Chotek z Chotkova a Vojnína, jemuž patřilo také sousední jankovské a ratměřické panství. Otto Chotek nechal vystavět krásný štít s věžičkami na budově ovčína. Uprostřed štítu je ze žuly tesaný znak Chotků s letopočtem 1869.
V roce 1925 koupil vlčkovický statek dlouholetý nájemce František Počepický. Za jeho působení statek víceméně prosperoval, a to až do té doby, kdy mu byl v roce 1948 vyvlastněn nastupující totalitní mocí. Dále byl scénář podobný jako u jiných „buržoazních“ sídel. Soudruzi z vlčkovických nemovitostí udělali státní statky a hospodařili zde, jak nejlépe uměli. V architektonicky zajímavém ovčíně skladovali chemická hnojiva. V zámečku se střídali různí zaměstnanci státních statků a spolu s tehdejšími obyvateli Vlčkovic si brali z vybavení, co se jim hodilo, až tam nic nezbylo. Od 80. let do restituce potomkům Františka Počepického v roce 1993 bydlela v zámečku jen příroda, která k demoliční práci také přispěla svým dílem.
Od roku 1995 probíhají v režii majitelů statku, rodiny Počepických, postupné opravy. Například se podařilo opravit střechu a staticky zabezpečit klenby zámečku, zrekonstruovat starobylý ovčín a navrátit mu jeho původní hospodářskou funkci. Budova bývalého vepřína byla v roce 2021 částečně přestavěna na moderní jatka a bourárnu.